Fue admitido en el conservatorio bajo un contrato quinquenal y estudió con el primo maestro Nicola Fago, el secondo maestro Leonardo Leo y, después de 1737, con el sucesor de Leo, Lorenzo Fago. Permaneció en Nápoles toda su vida, y entre 1745 y 1771 se estableció como un respetado compositor de oratorios, óperas, cantatas y música de iglesia. El oratorio "Il figliuol prodigo ravveduto" (1745) abrió la serie de sus grandes composiciones: 7 óperas, 6 oratorios sagrados y varias misas, lo que le valió un gran reconocimiento.

Edición discográfica con una obra de Pasquale Cafaro

El 11 de julio de 1759  sucedió a Girolamo Abos como secondo maestro de su antiguo conservatorio y, contrariamente a algunas informaciones, no renunció a este puesto en 1785, sino que lo mantuvo hasta su muerte. Su alumno más destacado fue Giacomo Tritto, además de Francesco Bianchi, Angelo Tarchi y Honoré Langlé.

Cafaro dirigió óperas de Johann A. Hasse y de Tommaso Traetta, entre otros, en el Teatro San Carlo. Reconocimiento público, y sobre todo sus composiciones para los eventos de la corte (incluyendo las cantatas para el cumpleaños del rey Fernando), llevó a su nombramiento el 25 de agosto de 1768 como maestro di cappella sopranumerario de la capilla real; también fue maestro de música de la Reina María Carolina. Después de la muerte de Giuseppe Majo, primo maestro de la capilla real, al vice-maestro titular Giuseppe Marchitti se le negó la sucesión y, sin la competencia pública de costumbre, el cargo se le adjudicó a Cafaro el 21 de diciembre de 1771; también continuó como ‘maestro di musica della regina’, llegando a ser más tarde ‘maestro di musica della real camera’. También fue designado director artístico del Teatro San Carlo. Después de asumir la dirección de la capilla real dejó de escribir óperas y produjo principalmente música sacra.

Un “Stabat Mater”, dedicado al rey y a la reina, impreso en Nápoles en 1785, se volvió su obra más conocida fuera de Italia. Aunque Cafaro nunca compuso una ópera buffa, ciertas tendencias estilísticas asociadas con este género (simplicidad de estructura armónica, textura y orquestación) se reflejan en sus obras serias. En ellos el pathos dramático de compositores anteriores dio forma a la abstracción Clasicista, uso experto de fórmulas napolitanas y modos aceptados de expresión. Como resultado su música fue alabada por sus contemporáneos por su ‘gracia y pureza de estilo' y después criticada por la 'pobreza de invención'. En la tradición napolitana Cafaro fue uno de los eslabones esenciales entre la generación de Leo y Durante y  la de Cimarosa y Paisiello.